Молодежная молекулярная лаборатория ЮГУ

Задай вопрос

Email *

Ваш вопрос *

Защита от автоматического заполнения

Введите символы с картинки*

* - обязательные поля

Руководитель лаборатории

Состав сотрудников

В 2021 году в рамках национального проекта «Наука и университеты» создана Молодежная лаборатория «Разработки методики метагеномного анализа для экспресс-оценки воздействий на среду в условиях интенсивного недропользования». С 2024 года лаборатоиря выполняет работу в рамках Госзадания «Молекулярно-генетические методы в изучении и оценке состояния биоразнообразия Северных регионов».

Целью лаборатории является интеграция современных методов в изучение и мониторинг биоты с акцентом на изучение сообществ грибов.

Приглашаем посетить сайт лаборатории: https://fungariumysu.org/moleculab/

Основные результаты работы:

• Организована молекулярная лаборатория (запущено оборудование и подготовлены кадры) для секвенирования по Сэнгеру (Applied Biosystems 3500) и секвенирования третьего поколения (Nanopore MinION).
• Разработаны методические указания протоколов работы, апробированы пайплайны обработки данных и способы представления исходных данных онлайн.
• Основные результаты работы Начато систематеческое секвенирование по Сэнгеру - баркодинг Биологической коллекции ЮГУ. В базу данных коллекции загружено около 1000 сиквенсов.
• Данные публикуются на международных порталах GenBank, BOLD и GBIF. На основе сиквенсов опубликованы статьи о структуре сообществ, новых находках и новых для науки видах.
• Подготовлена и реализована программа повышения квалификцаии в области молекулярно-генетических методов изучения биоразнообразия. В рамках летних школ прошли обучение около 50 научных сотрудников и студентов ХМАО-Югры и других регионов России.
• Апробирован протокол полевой работы и выполнен отбор проб для метабаркодинга сообществ грибов лесных и болотных экосистем. Тотальная ДНК отсеквенирована на платформах Illumina MiSeq и Nanopore MinION. Получено около 50 млн последовательностей сиквенсов (ридов).
• Написан пайплайн обработки данных метабаркодинга грибов.
• Опубликованы статьи по результатам баркодинга и метабаркодинга сообществ грибов.
• Продолжается пополнение коллекции ваучерных образцов Фунгария ЮГУ.
• Данные коллекции представлены на портале коллекций и публикуются в виде наборов данных в GBIF. В базе данных хранятся последовательности и метаданные сиквенирования.
• Идет оцифровка и мобилизация литературных данных о находках грибов на территории Западной Сибири.
• Всего мобилизовано около 55 тысяч находок. Данные организованы в виде четырех опубликованных наборов

Оснащение лаборатории включает четыре лабораторные зоны и набор инструментов для выделения, очистки и секвенирования ДНК.

Краткий список оборудования:

• Автоклав 2540 ML Tuttnauer
• Bioer BYR6617E Амплификатор GeneExplorer, модель GE-96G 96 x 0.2 мл
• Амплификатор MiniAmp™ Plus, реакционный блок 96 × 0.2 мл
• Гомогенизатор Tissue Homogenizer KZ-III
• Гомогенизатор пестиковый, ручной, для работы в пробирках
• Камера для горизонтального электрофореза Miulab
• Lamsystems БАВнп-01-«Ламинар-С»
• Медицинский аспиратор Утес ОМ-1
• Морозильник вертикальный — 40 С DW-FL270 Meling
• Мультивортекс V-32 BioSan
• Мультивортекс BS-010207-AGG BioSan
• ПЦР-бокс лабораторный модели БЛ-ПЦР с УФ лампой
• Секвенатор Applied Biosystems 3500
• Секвенатор Nanopore MinION с комплектом принадлежностей
• Трансиллюминатор TCP-20.LM
• Система электрофореза MINIE-135 Miulab
• Стерилизатор инфракрасный микробиологических петель, Miulab
• Термостат твердотельный Термит
• Флуориметр Qubit 4, Thermo Fisher Scientific
• Центрифуга лабораторная Miulab 12 пробирок
• Центрифуга MPW-150R
• Центрифуга ELMI СМ-50
• Шейкер Multi Bio RS-24

Полный список оборудования доступен по ссылке https://fungariumysu.org/moleculab/equipment/

Оборудование доступно в кампусе Югорского государственного университета, улица Чехова, 16, корпус 1, 1-й этаж, комнаты 102, 107-109.

Основные публикации лаборатории

• Filippova N, Zvyagina E, Rudykina EA, Ishmanov TF, Filippov IV, Bulyonkova TM, Dobrynina AS (2024) DNA-based occurrence dataset on peatland fungal communities studied by metabarcoding in north-western Siberia. Biodiversity Data Journal 12: e119851. https://doi.org/10.3897/BDJ.12.e119851
• Filippova N, Zvyagina E, Rudykina E, Dobrynina A, Bolshakov S (2023) The diversity of macromycetes in peatlands: nine years of plot-based monitoring and barcoding in the raised bog "Mukhrino", West Siberia. Biodiversity Data Journal 11: e105111. https://doi.org/10.3897/BDJ.11.e105111
• Коткова В. М., и др. 2023. Новые находки водорослей, грибов, лишайников и мохообразных. 12. Новости систематики низших растений 57(2): R1–R58. https://doi.org/10.31111/nsnr/2023.57.2.R1
• Filippova N.V., Ageev D.V., Basov Yu.M., Bilous V.V., Bochkov D.A., Bolshakov S.Yu., Bushmakova G.N., Butunina E.A., Davydov E.A., Esengeldenova A.Yu., Filippov I.V., Filippova A.V., Gerasimov S.V., Kalinina L.B., Kinnunen J., Korepanov A.A., Korotkikh N.N., Kuzmin I.V., Kvashnin S.V., Mingalimova A.I., Nakonechnyi N.V., Nurkhanov R.N., Popov E.S., Potapov K.O., Rebriev Yu.A., Rezvyi A.S., Romanova S.R., Strus T.L., Sundström C., Svetasheva T.Yu., Tabone M., Tsarakhova S.G., Vasina A.L., Vlasenko A.V., Vlasenko V.A., Yakovchenko L.S., Yakovlev A.A., Zvyagina E.A. 2022. Crowdsourcing fungal biodiversity: revision of iNaturalist observations in Northwestern Siberia // Nature Conservation Research. Vol. 7(Suppl.1). P. 64–78. https://dx.doi.org/10.24189/ncr.2022.023
• Filippova N, Ganasevich G, Filippov I, Meshcheryakova A, Lapshina E, Karpov D (2022) Yugra State University Biological Collection (Khanty-Mansiysk, Russia): general and digitisation overview. Biodiversity Data Journal 10: e77669. https://doi.org/10.3897/BDJ.10.e77669
• Filippova N, Ageev D, Bolshakov S, Davydov EA, Filippova A, Filippov I, Gashkov S, Gorbunova I, Kalinina L, Kudashova N, Palomozhnykh E, Shabanova N, Tomoshevich M, Vayshlya O, Vlasenko A, Vlasenko V, Vorobʼeva I, Yakovchenko L, Zvyagina E (2021) The fungal literature-based occurrence database for southern West Siberia (Russia). Biodiversity Data Journal 9: e76789. https://doi.org/10.3897/BDJ.9.e76789
• Filippova N, Ageev D, Bolshakov S, Vayshlya O, Vlasenko A, Vlasenko V, Gashkov S, Gorbunova I, Davydov EA, Zvyagina E, Kudashova N, Tomoshevich M, Filippova A, Shabanova N, Yakovchenko L, Vorob’eva I, Kalinina L, Palomozhnykh E (2021) The Fungal Literature-based Occurrence Database in Southern West Siberia (Russia). Biodiversity Information Science and Standards 5: e74178. https://doi.org/10.3897/biss.5.74178